Qafqaz Araşdırmaları İnstitutu (QAEN) elmi-tədqiqaqat təşkilatları haqqında ümumi qanunlara əsasən Qafqaz Universiteti rektorunun 22.02.2006 tarixli 07.01. saylı əmri ilə Qafqaz Universitetinin elmi-tədqiqat müəssisələri bazasında yaradılan və Qafqaz Universiteti nəzdində fəaliyyət göstərən elmi tədqiqat müəssisəsidir. Qafqaz Araşdırmaları İnstitutu Qafqaz və çevrəsindəki bölgələrin tarixi, mədəni, sosial, hüquqi, siyasi, iqtisadi və texniki sahələri üzrə araşdırılması işlərini həyata keçirmək; bu tədqiqləri dünyada aparılan öncül araşdırmalar istiqamətinə yönəltmək və universitetdə bu yöndə aparılan elmi işləri bir mərkəzdə əlaqələndirmək məqsədilə fəaliyyət göstərir.
Qafqaz Araşdırmaları İnstitutunun elmi fəaliyyət istiqamətində başlıca yeri:
- Azərbaycan və Türkiyə əsas olmaqla Qafqaz ölkələri xalqlarının dil, siyasət, sosial həyatı ilə bağlı tarix, ədəbiyyat, mədəniyyət, iqtisadiyyat və s. sahələri üzrə tədqiqat əsərləri, monoqrafiyalar, tədris vəsaitləri, lüğətlər və s. işlənib nəşr olunması;
- Bu tədqiqləri dünya miqyasında aktual araşdırmalara istiqamətləndirmək, habelə Universitetdə bu yöndə aparılan elmi-tədqiqat işlərini bir mərkəzdə əlaqələndirmək məqsədilə fəaliyyət göstərmək. Əldə olunan bilgiləri ictimaiyyətə, dövlət və özəl təşkilatlara, medya qurumlarına çatdırmaq;
- Təbii və tarixi mirasın qorunması, yerli mədəni irsin yaşadılması və tanıdılması üçün layihələr hazırlamaq, hazırlanan layihələri dövlət və ya özəl qurumlarla birlikdə həyata keçirmək. Bu sahələrdə peşəkarlıq qazandırmağa kömək edəcək təlim-tədris proqramları təşkil etmək, nəşrlər hazırlamaq, konfranslar və sərgilər düzənləmək və s. tədbirləri həyata keçirmək tutur.